1. Drejtoria e Performancës dhe Menaxhimit të Integruar të Zonave Bregdetare.
Organizon punën për bashkërendimin e programeve, të projekteve zhvilluese me rëndësi për menaxhimin e integruar të zonës bregdetare, Drejton procesin e këshillimit dhe mbështetjes ligjore të veprimtarive dhe aktiviteteve të strukturave të Agjencisë, në përputhje me dispozitat ligjore dhe nënligjore në fuqi;Kordinon procesin e monitorimit dhe zbatimit me përpikmëri të instrumenteve të menaxhimit të integruar të territorit, të miratuara nga autoritetet qëndrore dhe vendore në zonën bregdetare,Jep hollësi për përgatitjen e objektivave dhe të prioriteteve për performancën dhe vlerësimin e zonave bregdetare, sipas standardeve kombëtare dhe ndërkombëtare.
2. Drejtoria për Sigurimin e Zhvillimit të Qëndrueshëm të Turizmit dhe Zonave Bregdetare.
Përgjigjet për përcaktimin e objektivave dhe planifikimin e veprimtarisë së drejtorisë dhe ndjekjen e realizimit të procesit të inspektimit të Drejtorisë për Sigurimin e Zhvillimit të Qëndrueshëm të Turizmit dhe Zonave Bregdetare,Kryen vlerësimin e riskut të subjekteve që operojnë në fushën e turizmit që janë objekt i inspektimit të drejtorisë;Mbikëqyrë procesin e inspektimit dhe mbajtjen e dokumentacionit për cdo proces inspektimi nga inspektorët e sektorit;Kontrollon zbatimin e kritereve dhe kushteve nga subjektet që ushtrojnë veprimtari turistike, si: hotele, motele, bujtina, kamping, resorte, qendra kurative, B&B, fjetina etj;
3. Drejtoria e Financës dhe Shërbimeve Mbështetëse.
Garanton kuptueshmërinë ligjore, monitorimin dhe harmonizimin e akteve rregullatore me Kushtetutën, kodet, direktivat europiane dhe marrëveshjet ndërkombëtare, administrimin e burimeve njerëzore në institucion, menaxhimin efikas të planit buxhetor, sigurimin e efiçencës dhe efikasitetit në proçedurat e prokurimit proves, zbatimin e normave tekniko-profesionale dhe metodologjike të shërbimit arkivor si dhe mirëadministrimin dhe mirëmbajtjen e aseteve të Agjencisë, si dhe krijimi i kushteve të përshtatshme dhe komode të punës për punonjësit;
